会查的。
目录是由正文里的标题产生的，查正文的时候会查标题；
参考文献重复一些是没问题的，不能重复太多，比如90%都一样就不行。
查重的学术不端检测理论上是查正文，不过，系统并不智能，同样的文章不同次检测结果也不同。有时候，论文封面的标准格式、页码、参考文献、致谢、个人简历、在学期间学术成果等页面也会被查重，计入重复率百分比。所以，学校还要求大家对查重结果做说明，说明这些是非正文，不涉及学术观点
首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。
对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。
做标记的地方应该就不算了吧。
参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
