正版系统是不会出现这个情况的，您应该是用了盗版知网查重系统，正版系统参考文献自动过滤不会标红哦

目录是不参与查重的，若知网查重时目录给查出来重复了，建议修改目录格式，或找找其他问题。

目录是论文内容组成部分，在用知网检测时，肯定会扫描到目录。若知网系统成功识别目录，目录不参与查重。若因为目录格式等出现了问题，哪怕是微小的错误，导致知网系统未能正确识别目录，把目录当成了论文正文，参与了查重，影响了论文查重结果。所以，要通过修改论文目录格式，来让目录不参与查重，才好根据检测结果，进行修改优化。

查重率是论文发表过程中常见的基本要求之一，离着成功发表论文，还有很多知识点要掌握，比如匹配合适的期刊，审稿要求是什么，怎么修改，等等。这些常识或技巧，可以来知实学术了解。