因此，能肯定的说，学术查重不包含格式正确的参考文献。为什么学术查重报告中有些时候会将参考文献部分标红呢？有以下两类理由，有可能毕业论文写作者选用不合规的学术查重系统对毕业论文查重，而这种不合规的学术查重系统却不合规的学术查重，因此不容易识别参考文献，进而引发参考文献飘红；二是毕业论文的参考文献格式不正确，引发学术查重系统不容易正确识别该部分的参考文献，进而将该参考文献部分标红，如该部分参考文献格式正确就会学术查重识别，进而无法揽入查重涉及范围是之内。
综上所述，学术查重并不包含参考文献，学术查重一般而言只对毕业论文的纲要部分、英语纲要部分、正文部分及附录部分进行查重，而参考文献并不会在学术查重涉及范围是之内。因此，毕业论文写作者不用着急因要罗列非常多的参考文献在毕业论文当中。但，唯一仅有合规的学术方可识别参考文献，况且其还有一个前置性要求是参考文献格式正确，这也就意味着毕业论文写作者应当到学术不端网的“学术查重入口”等合规的学术查重店铺进行查重，且要按照要求创作参考文献，保障学术有机会识别。
