针对学术不端问题，课题组的建议之一是，在对腐败问题保持高压态势的背景下，学术界对于自身的不正之风和腐败问题，也要敢于“亮剑”，以“零容忍”态度查处各类学术不端问题。 反腐败研究专家也建议，治理学术不端现象，应在相关国家法律中写入关于学术不端问题的条文，明确学术不端行为的认定标准和惩处办法。
研究重点不突出。 即论文论述没有突出研究重点，缺乏问题意识，研究问题不明确，对论文观点缺乏提炼等。 专家评语如“缺乏严密的逻辑推导。 （法学）”“论证单薄，论文许多部分论证不到位，浅谈辄止。 （教育学）”“论文的主要内容缺少合理的理论框架，显得较混乱。 （历史学）”“文章在内容和结构上严重地偏离了自己的主题。 （文学）” 研究方法单一或不恰当。 即由于论文选用研究方法较少，实验设计不科学，未使用该论题学科领域的研究方法和分析手段等原因，没有运用正确的方法对研究对象进行客观研究，体现不出作者的专业水平和研究能力，从而影响结论的有效性和可靠性。 数据不够真实有效。 即论文所运用的数据资料的可靠性和真实性不足；数据选取不科学，甚至选取错误。 样本选取的科学性不足。
作者的学术态度和学术行为的不端正，也是此次论文抽检发现的较为严重的问题，有7%的专家评语明确提到了“学术态度不端正”或“学风不严谨”。 而从“不合格论文”出现的本质原因而言，都可以归结为作者学术态度的不端正和学风的不严谨。 而学术态度和学术行为，是决定研究和论文质量最根本的因素。 工作量不足，即论文在撰写过程中，作者没有付出必要的时间和精力去完成论文的研究和撰写工作，而是仓促写成，敷衍了事。 存在抄袭现象，即抄袭他人的研究成果或直接照搬相关的文献资料。 值得一提的是，在“不合格论文”中，有部分论文是被专家直接判定为“完全不符合要求”的论文，即无论是从选题还是研究方法、论文的撰写等方面，都不满足硕士论文的基本要求，这些论文无一例外都是由作者学术态度和学术行为不端正所导致的。
