另，为什么学术查重报告文档中一些阶段会将参考文献标红呢？这有以下两类事由，即一是有可能毕业论文作者选用非正规的学术查重软件对论文来查重，而这些非正规的学术查重软件并非正规的学术查重，因而不能识别参考文献，出现参考文献飘红；二是毕业论文的参考文献格式不正确，出现学术查重软件不能识别该部分参考文献，使得将该参考文献标红，实际上，若该部分参考文献格式正确就会学术查重识别，使得不会纳入查重涉及范围是左右。
综上所述，学术查重并不包括参考文献，学术查重一般而言只对毕业论文的提要部分、英语提要部分、正文部分及附录部分来查重，而参考文献并不会在学术查重涉及范围是左右。于是，毕业论文作者不用担心因需要罗列很多参考文献在毕业论文中。但是，唯一仅有合规的学术才能识别参考文献，而且其有的一个前置性情况是参考文献格式正确，这也正表示毕业论文作者必定到学术不端网的“学术查重入口”等合规的学术查重平台来查重，且要按照规定编写参考文献，保障学术可以识别。
