为了从根本上解决农产品质量安全问题，2001年 4月，农业部启动了《无公害食品行动计划》，有力地推动了我国农产品质量安全工作的全面开展，农产品质量安全标准、检测检验和认证体系建设取得了极大进展,但从总体上农产品质量安全问题仍然突出。 目前农产品生产经营管理主要仍沿袭计划经济时代的模式，农工商分离，产加销脱节。 农产品质量安全管理权限分散在农业、贸易、工商、环保、卫生等不同部门，都依据相应的工作职能和行业法规，各自进行农产品质量安全管理、检测。 这种多头管理的现象导致部门职责不清，主体责任难以落实，管理脱节，不利于农产品质量安全管理工作正常开展。 同时，目前仍缺少对政府管制进行成本效益分析的制度化措施。
根据上半年农产品质量安全例行监测结果，畜禽产品、水产品、蔬菜合格率分别达到99.5%、95.8%和95.9%。 根据生鲜乳质量安全监测结果，29个省的3373批次生鲜乳样品中三聚氰胺含量全部符合临时管理限量值规定，13个奶牛主产省的903批次生鲜乳样品中皮革水解蛋白检测合格率均为100%。
(1)在农产品质量安全标准体系建设上，表现在制定和颁布主体分散化，标准交叉现象严重。 农业标准从计划的提出、制定到审批发布涉及政府多个部门，部门职责不清，管理分散，相互掣肘，不仅导致管理的低效率，而且不可避免地造成技术标准重叠、交叉甚至技术内容矛盾的现象。 同时，标准制定不科学、透明度低，标准的有效性和实用性差，目前农产品质量安全标准制定的参与主体较少，标准的制定程序不规范，缺少向社会公开征求意见咨询的过程。 (2)在农产品质量安全检验检测体系建设上，一方面农产品生产经营者质量安全自检能力薄弱。 农产品生产企业、批发市场、基地建立检测点的建设仍不足，大部分生产经营者还没有能力建立检测设施 [3]。 一些质检机构为获取利益往往违背基本的职业操守甚至变成生产经营者欺骗消费者的工具。
根据国家农业部调查，2009年上半年，我国农产品质量安全总体形势稳定。 根据上半年农产品质量安全例行监测结果，畜禽产品、水产品、蔬菜合格率分别达到99.5%、95.8%和95.9%。
