包括的。
AMLC采用CNKI自主研发的自适应多阶指纹（AMLFP）特征检测技术，具有检测速度快，准确率，召回率较高，抗干扰性强等特征。支持篇章、段落、句子各层级检测；支持文献改写，多篇文献组合等各种文献变形检测；支持研究生论文、图书专著等超长文献的学术不端检测。
对任意一篇需要检测的文献，系统首先对其进行分层处理，按照篇章、段落、句子等层级分别创建指纹，而比对资源库中的比对文献，也采取同样技术创建指纹索引。
学术不端文献检测的相关要求规定：
1、管理人员可以选择将检测文献放入个人比对库或者批量上传文献作为个人比对库，该个人比对库即可作为以后学术不端文献检测的比对数据库，该自建个人比对库完全属于用户。
2、检测系统能够自动将属于用户的已正式发表的论文检索出来，并对每一篇已发表文献进行实时检测，快速给出检测结果。
3、用户可以将检测结果中确认有问题的文献放入到问题库，便于用户集中管理。
首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。
对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。
做标记的地方应该就不算了吧。
