在2月中旬，日本理化学研究所RIKEN和《自然》方面分别就小保方晴子所遭受的学术不端指控开展了相关调查行动。 3月5日，RIKEN向外界公布了更多关于STAP细胞制备过程的详细情况， 并表示小保方研究中的其他实验方法将会发表在《自然》期刊的“实验方法交流” (Protocol Exchange)网页上。
小保方晴子涉嫌学术不端事件最终调查结果公布！ 针对STAP细胞论文的学术不端的质疑，理化学研究所于4月1日宣布研究中确实存在学术不端行为。 对于3月14日公开发布的中期报告中被保留看法的4项事项中的2项，仅判定论文第一作者，理化学研究所发育生物学中心（CDB）研究室主任小保方晴子存在捏造、篡改等学术不端行为。
2014年4月1日，日本理化学研究所发布完整调查报告， 宣布小保方晴子在研究中存在捏造、篡改等学术不端行为。 共同作者虽无学术不端行为，但由于未能发挥把关作用也“责任重大”。 事情发展到这里，就不得不再介绍一个人——小保方晴子的导师：当时日本理化学研究所发生与再生科学综合研究中心副主任笹井芳树。
小保方晴子的“学术女神”形象顿时崩塌，其博士论文问题也被外界关注。 [30] 2015年11月，早稻田大学宣布正式取消小保方晴子的博士学位，但给予她1年时间进行论文修改，但最终校方认定未达到博士论文水平。 [30] 日本放送协会 (NHK)曾于2014年播出了关于日本理化学研究所研究员小保方晴子涉嫌STAP细胞论文造假的专题纪录片。 该节目一经播出，便引得日本学术界一片哗然，小保方晴子一夜之间从“国宝”、“日本居里夫人”跌堕，一直力挺STAP的小保方导师、被认为有望获 诺贝尔奖 的干细胞界顶尖专家笹井芳树更是不堪压力选择自杀。
