网络论文检查系统是中国最大最好的一个论文类似度检查系统，但还是有一些不足，具体情况怎么样？（1）网络数据库本身有限。现在国内有很多可以提供论文检查的机构。我依靠这些检查机构的比较数据库。但是，数据库本身有很大的限制。
网络时代，很多学术论文有可能作为网络上的论文发表。不能出现在学术网站和个人博客上，被收录在数据库里。杂志论文也不会被收录在数据库里。另外，数据库的输入比杂志发表论文的时间多延长2个月左右。因此，使用论文的检测系统的话，会有一定的遗漏。另外，各检查系统的比较数据库不同，对于同一篇论文，也有可能出现相当大的测定结果。
（2）大学学位论文主要检测文字重复部分，以文字完全一致或暧昧性来判断，但无法理解其具体含义，也无法区分正常、合理的重复。另一方面，人文社会科的研究生与自然科学类相比，根据现有的文献资料，很容易出现复制率高的问题。
好像是历史学的论文。经常使用古代典籍的原文。这些内容是所有研究人员应该使用的内容，不能再修改。另一方面，文章的性质不同，重复率也不同。另外，例如总结性的文章，不能避免大段引用原理、古典事例的说明等。但是，检查系统无法区分这些状况，这些论文会引起重复率高的现象，给学生带来无形的压力和不必要的烦恼。（3）现行的知识网论文检查系统只能处理文字，无法对公式、照片、图表等进行判断。少数别有用心的学生将复制文字的内容转换成照片、表格等格式，以恶意回避系统。
以上的不仅是网络论文的检查系统，其他的检查系统也存在类似的问题，例如，网页论文的检查系统、paperpass论文的检查重量等。
