每个软件的数据库不太一样。笔杆论文查重，我用过，也是在学校用的，还不错，跟学术相差不大。如果学校用的是学术，最后再用跟学校一样的学术。
笔杆论文查重跟学术查重本来就是不同的查重品牌，查重的算法跟学术不一样，比对的数据库也有很大不一样，所以检测的结果存在很大差异也是很正常的。不过paperfree查重的比对库跟学术很接近，查重结果差距不大。。主要还是要看比对库数据大小来定。。
不同的检测系统数据库不一样，笔杆适合初中期查重，定稿检测可以使用与学校一致的检测系统进行检测，笔杆网很多高校都在使用
相对来说，差距较大，原因如下：
一、数据库不同。
（1）中国学术cnki：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、互联网资源、英文数据库等。部分书籍不在学术库，检测不出抄袭。
（2）PaperPass：由超过9000万的学术期刊和学位论文，以及一个超过10亿数量的互联网网页数据库组成。
二、学术查重规则原理比PaperPass更科学、更严格
对于学术检测系统，如果连续13字符相似就会判为抄袭、重复，外加系统自动识别功能。而PaperPass则是以句子为检测单位来检测的。显然学术的检测单位比PaperPass检测对比单位更小。
三、检测语种不同
PaperPass是全球首个中文文献相似度比对系统，仅检测中文，其他语言上传检测后均显示绿色（即安全）；而中国学术cnki可以检测中文和外文。
毕业论文查重的注意事项，如下：
1、提交检测时要注意格式。在论文查重的时候要注意格式，如果直接提交整个文档进行检测的话，文档名字最好改成论文标题，并且目录、正文的格式也须准确，不然是会影响到论文查重的。
2、注意参考阈值。在毕业论文查重时，决定论文内容是否存在抄袭，是由系统的算法和数据库里的数据比对得出的。通常系统都会有设置一个固定的阈值，一旦高于这个阈值，那么就会被系统检测为抄袭，如果系统判定为抄袭，肯定是会被检测出来的，所以在参考文献引用时一定不能超过这个阈值。
3、不要合篇进行检测。合篇检测非常容易导致检测错误，可能第一次检测没重复的地方，在第二次检测的时候却被标为重复，这在总字数发生改变的情况下会出现问题。
