首先你要先确定的是，论文的标题、目录以及参考文献等内容一般都是不会参与到论文的重复率检测当中，如果你查重后发现这部分内容也被标红了，那么这一般都不是因为你论文的这部分内容重复而造成的，而是由于你论文的格式出现了错误才导致的。

其次，如果是自写而不是抄袭的内容被标红了，或者是自己第一次查重时没有被标记的内容，但是过几天再去检测的时候却又被标记出来了，会出现这种情况的原因一般都是因为论文查重系统的数据库发生了更新，要知道现在查重系统都添加有互联网数据对比库，而互联网数据又是在实时更新变化的，所以这可能你第一次检测的时候没有被标出来的内容，你第二次再去检测的时候，数据库更新收录了你之前没被标出来的文章内容，所以自然之前没被标记的现在又被标出来了。