但是由于直接ELISA的抗原不是特异性固定的，样本中的靶蛋白及其他杂质蛋白都会与ELISA板结合，实验背景会比较高。 而且直接ELISA每种靶蛋白都需要准备能够与其特异性结合的一抗，实验不太灵活。

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