中国知道网（CNKI）、万方数据是国内最具影响力的两大论文数据库，分别输入了大量的文献。受垄断授权的影响，数据来源和著作权维护方面竞争激烈，两者的输入可能覆盖面不同。

篇大部分论文都是从CNKl和万方输入的。但是，也有只输入CNKI而没有从万方输入的论文。另外，某篇论文可能是从CNKl和万方输入的。但是，时间上有前后。因此，两大数据库的内容重叠在一起。因此，在同一时刻，在同一地点用AMLC和万方论文类似性检查系统测定同一原稿时，其测定结果不同。比如“血清游离核子……””一文中，AMLC检查后的重量率为6.1%，万方检查结果为66.7%。另一本书是《FOCUS-PPDCA程序》。的应用”中AMLC检查的重复率为40.2%，万方为5.9%。另外，文本形式的原稿，由于检索结果的差异很大，公式、图表、外文的重复率的问题也无法解决。

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