然而，学术查重并非是能鉴别全部的参考文献，唯有有一些吻合格式的参考文献才会学术鉴别，这也就意味着唯有当参考文献格式标准且正确的阶段，学术才能将该部分参考文献排出在查重范畴之外。
因此，可确定的说，学术查重不包括格式正确的参考文献。还有一种事由就可能是你使用的学术查重系统并非是正规的学术查重，因为这种官方网站并非是正规的学术查重系统，因此就引发无法鉴别出参考文献部分，从而引发毕业论文中的参考文献被标红。综上，学术查重并不包括参考文献，学术查重一般来说只针对毕业论文的提要部分、英文提要部分、正文部分及附录部分来查重，而参考文献并不在学术查重范畴之内。
因此，毕业论文撰写者不用紧张因要罗列非常多的参考文献在毕业论文当中。
但，唯有正规的学术才会鉴别参考文献，另外其还有一个前置性条件是参考文献格式正确，这也意味着毕业论文撰写者绝对到学术不端网的“学术查重入口”等正规的学术查重网站来查重，且要依据规定写参考文献，保障学术能鉴别。
