学术不端行为责任人获得有关部门、机构设立的相关科研项目、学术奖励或者荣誉称号等利益的，学校根据关联情况向相关主管部门提出处理建议。 学生有学术不端行为的，按照学生管理的相关规定给予相应的学籍处分。 学术不端行为与获得学位有直接关联的，由学位授予单位作暂缓授予学位、不授予学位或者依法撤销学位等处理。
对学术不端的举报，一般应当以书面方式实名提出，有明确的举报对象，有实施学术不端行为的事实，并且有客观的证据材料或者查证线索。 对于举报的处理，《办法》严格实行正当程序原则，对调查组的组成规则、回避制度、当事人权利义务、调查结论等作出了明确规定。
2003年12月17日2003～2004学年度第7次校务会议通过的《清华大学关于处理学术不端行为的暂行办法（试行）》同时废止。 学校此前有关规定与本办法不一致的，以本办法为准。
