看你用什么系统来查重了，如果用知网查重cnkivip.net来检测的话建议不要删除参考文献，不过只要格式对的话知网查重也不会去查重参考文献的。

把查重报告下载下来放到论文提交文件夹里一起提交就行了。

查重是和论文放在一起上交的，不能一味的用手机来进行查重。因为面对市场上多种查重软件，很多毕业生为了防止学术不端需要打击，就会选择使用淘宝上的“知网查重”等商家购买软件来进行自动查重。

那么，如果毕业生提供的查重账号在外面进行查重，都没有得到验证的话，只能先通过淘宝网的第三方卖家使用知网查重，之后再通过直接去中国知网的官方网站进行购买查重服务。这样就保证着可以安全又准确。

通过知网进行论文查重，用不同的格式进行检测，就会得到不同的结果。因此在进行论文查重时，特别要注意论文格式，根据学校的要求进行排版，这样知网查重系统就会把论文按目录分类，层次更清楚，结果更客观。

事实上，在 word格式的论文中，图片等内容一般是不会参与检测的，所以如果你上传的word文档包含这些数据，就无法识别它们。而在 pdf格式中，前面提到的数据图表、编码等内容都是自动转换成文字的，然后由系统软件来识别并检查。

若按 word文件格式排好毕业论文目录，知网论文检测系统软件按文件目录分列，每一章都要进行论文查重，文件目录中所显示的信息为深灰色，无法参与查重。当提交 pdf时，需要把 pdf格式的论文转换成已经不正确的目录格式，因此要进行目录对比检测。

在word文档中，引用内容如果格式正确，查重系统就会将其识别为引用，检测报告中会有一个引用率，只要引用率不超过学校的要求，学校也是认可论文的。 pdf格式的引用会被转换成文本格式，格式已经不正确，所以引用的内容会被当做抄袭，所以 pdf检测值偏高。

另一个需要注意的是，在知网查重系统中，论文中的尾注和脚注通常不会进行识别，并且系统也不能检测到这些内容，而在 pdf文档中，论文查重系统会将格式进行转换，因此格式会有不同，原理与上面提到的一样。所以 pdf检测结果稍微高一点是正常的。

建议使用word版提交查重，基本不会有什么问题，但pdf提交查重可能会出现乱码情况，这样可能会影响最终重复率的。