知网参考文献一般不查重，而且论文的参考文献是一般是不需要查重的，而且知网检测系统时，就算把全部的论文上传上去，知网检测查重系统也是可以识别正确的目录和参考文献并剔除，不参与正文检测。 但是也千万不要图省钱，把参考文献哪些不参考查重的地方省略了。
论文的撰写应本着严谨、求实的科学态度，凡有引用他人成果之处，均应按论文中所出现的先后次序列于参考文献中，并且只列出正文中以标注形式引用或参考的有关著作和论文，参考文献应按正文中出现的顺序列出直接引用的主要参考文献。 一般而言，无论是高校还是杂志社在对论文进行知网查重过程中，主要考虑的是论文的去除引用文献的重复率部分，这也可以在知网检测报告当中体现出来，知网报告当中有一个全文的重复率部分，还有一个部分是去除引用文献的重复率部分，因此，一般而言，即使论文作者对其他论文进行引用，只要引用格式正确，一般都会被知网论文查重软件自动识别为引用部分，以绿色字体标注，在去除引用文献部分的重复率会有所体现。
封面、摘要、绪论、第一章、第二章、等等这样一系列的都会各自分成一个片段来检测，每一个片段都计算出一个相似度，再通过这样每章的相似度来计算出整篇论文的总重复率。 当知网查重系统识别到你论文中有某句话涉嫌抄袭的时候，它就会对这句话的前面后面部分都重点进行模糊识别，这个时候判断标准就变得更严格，仅仅加一些副词或虚词 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此类词语）是能够识别出来的。 在知网查重进行中，检测系统只能识别文字部分，论文中的图片、word域代码、mathtype编辑的公式、是不检测的，因为检测系统尚无法识别这些复杂的内容格式。
但是像我所在的浙江大学，学校为学生购买了知网查重服务，并集成到研究生管理系统了，而且， 用于查重的论文版本也是最终送审的版本 。 这意味着，删除参考文献是不可取的，因为送审版本是需要包括参考文献的。
