知网参考文献一般不查重，而且论文的参考文献是一般是不需要查重的，而且知网检测系统时，就算把全部的论文上传上去，知网检测查重系统也是可以识别正确的目录和参考文献并剔除，不参与正文检测。 但是也千万不要图省钱，把参考文献哪些不参考查重的地方省略了。
论文的撰写应本着严谨、求实的科学态度，凡有引用他人成果之处，均应按论文中所出现的先后次序列于参考文献中，并且只列出正文中以标注形式引用或参考的有关著作和论文，参考文献应按正文中出现的顺序列出直接引用的主要参考文献。 一般而言，无论是高校还是杂志社在对论文进行知网查重过程中，主要考虑的是论文的去除引用文献的重复率部分，这也可以在知网检测报告当中体现出来，知网报告当中有一个全文的重复率部分，还有一个部分是去除引用文献的重复率部分，因此，一般而言，即使论文作者对其他论文进行引用，只要引用格式正确，一般都会被知网论文查重软件自动识别为引用部分，以绿色字体标注，在去除引用文献部分的重复率会有所体现。
其次，目录在格式正确前提下，知网查重系统对目录内容是不计入查重字数的，也不计算重复率。 目录正规写法应该是：1.有明显的“目录”两个字，且单独成为一行，让知网查重系统识别到这是“目录”；2.最好是文字编辑工具（Word）自动生成的目录，这样系统最喜欢，更容易识别。
但是像我所在的浙江大学，学校为学生购买了知网查重服务，并集成到研究生管理系统了，而且， 用于查重的论文版本也是最终送审的版本 。 这意味着，删除参考文献是不可取的，因为送审版本是需要包括参考文献的。
