目前对于本科，硕士，博士毕业论文，高校都是要求进行论文查重的，硕博论文是100%全部查重，同时毕业后一两年后还会进行抽检复查。

对于本科或专科论文，一般重点院校都是全部查重的，一些非重点院校可能会对部分论文进行抽检，甚至有一部分成人本科，专升本学历的只要求提交一个合格的查重报告，学校不去进行查重的。

本科论文查重看用什么系统了，如果是知网，就把整篇提交到系统，系统会排除目录、参考文献等，其他的如正文、代码、附录、致谢都要查，不知道你们学校如何规定的。其他论文查重系统一般都是查正文，把文章复制进系统就可以。

理论情况下，论文的整个篇幅都是需要查重的，所以引言也需要检查重复率。

论文里最可能重复的就是第一章的绪论或者引言，因为要大量引用别人的文章，要是这都不重复，甚至会被怀疑文章的可信度。

我的经验是，把重要的文章通读，然后把中心思想重新总结下，这样不至于完全重复，查重是有自己的规则的，只要别无脑复制粘贴，不会重复的太多的。