在CNKI检测系统中，将上传的比对论文与数据库中已有论文的重复情况进行对比，并根据重复率把重复程度划分为绿、黄、橙、红4个阶段，其中，绿色表示无重复，引用重复率低于40%的用黄色表示，标示为轻度重复，引用率在40%-50%的用橙色表示，标示为中度重复，重复率50%以上的为重度重复。 各期刊编辑部往往根据本刊实际情况设定收稿重复率阈值。 有的投稿与作者本人已发论文存在多处“交集”，或为多篇已发论文的“并集”。 在对论文进行初审时常常会发现，作者所投稿件重复率过高，但如果去除本人文献重复率又变得很低，大部分的重复文献都是作者本人发表出来的成果。
